Paso 1: Crear la estructura de directorios en tu PCPara que la IA trabaje de forma organizada y no mezcle el código con el manuscrito, debés crear una estructura de carpetas limpia. Abrí QTerminal y ejecutá el siguiente bloque de comandos:bash# Crear la carpeta raíz del proyecto de investigación
mkdir -p ~/investigacion_uav_logistica

# Crear las subcarpetas necesarias
cd ~/investigacion_uav_logistica
mkdir -p data_raw data_processed code_r src_latex images config_ai
Usa el código con precaución.Estructura resultante:code_r/: Contendrá los scripts de R para conectarse a OpenAlex y procesar el diseño de experimentos.src_latex/: Contendrá la plantilla del paper (los archivos .tex y .bib), lista para comprimir y subir a Overleaf.images/: Carpeta exclusiva donde R guardará los gráficos generados y donde LaTeX buscará las figuras.config_ai/: Aquí guardaremos las instrucciones de control para OpenCode.Paso 2: Configurar el control multi-directorio de OpenCodePara darle permiso a los agentes de IA de leer y escribir en múltiples directorios de manera autónoma, OpenCode utiliza un archivo de configuración en la raíz del espacio de trabajo.Creá un archivo de configuración del espacio de trabajo (habitualmente .opencode.json o workspace.json dependiendo de la interfaz que uses) en la raíz:bashnano ~/investigacion_uav_logistica/config_ai/instructions.md
Usa el código con precaución.Escribí un archivo de contexto para el agente Kimi K3 con las reglas del juego. Pegá el siguiente texto orientativo:textEres un agente de IA experto en optimización logística y UAVs. 
Tienes control de escritura y lectura sobre este Workspace.
Reglas de operación:
1. Los scripts de extracción y diseño de experimentos van estrictamente en /code_r.
2. Las imágenes y gráficos generados por R deben guardarse obligatoriamente en /images.
3. El manuscrito académico se redacta en /src_latex utilizando sintaxis LaTeX limpia.
4. Usa la API de OpenAlex para buscar literatura relevante sobre UAVs, logística urbana y eficiencia energética.
Usa el código con precaución.Guardá el archivo (Ctrl + O, Enter) y salí (Ctrl + X). Al iniciar tu sesión de OpenCode, apuntá el directorio raíz a ~/investigacion_uav_logistica y cargá este archivo como la "System Prompt" o directiva del agente.Paso 3: Integrar tu API de OpenAlex en RDado que OpenAlex no requiere obligatoriamente una clave privada de API tradicional, sino que utiliza un mecanismo basado en tu correo electrónico para acceder al "Polite Pool" (un carril de tráfico rápido y prioritario), debés configurar tu script de R para identificarte correctamente.Pedile al agente de OpenCode que te genere el script base en la carpeta de R. El comando interno o prompt que le darás a la IA en OpenCode será:"Generá un script en code_r/01_openalex_fetch.R utilizando la librería openalexR para buscar papers con las palabras clave 'UAV', 'Urban Logistics' y 'Energy Efficiency'. Asegúrate de incluir mi correo en las opciones de conexión para activar el acceso prioritario y exportar los resultados directamente a un archivo CSV en data_raw/."El script que la IA generará tendrá una estructura similar a esta:R# code_r/01_openalex_fetch.R
library(openalexR)
library(tidyverse)

# Configurar tu correo para el pool prioritario de OpenAlex
options(openalexR.mailto = "tu_correo@example.com") 

# Buscar material relevante
query_uav <- oa_fetch(
  entity = "works",
  title_and_abstract.search = '("UAV" OR "drone") AND "urban logistics" AND "energy efficiency"',
  from_publication_date = "2020-01-01"
)

# Exportar para revisión
write_csv(query_uav, "data_raw/literatura_openalex.csv")
Usa el código con precaución.Paso 4: Preparar el proyecto para OverleafPara que el paso a Overleaf sea directo y no requiera reconfigurar rutas de imágenes, debés indicarle a la IA que use rutas relativas en LaTeX.En la raíz de la carpeta src_latex/, la IA creará tu archivo main.tex.Asegurate de que la IA incluya en el preámbulo la ruta unificada de imágenes:latex\usepackage{graphicx}
\graphicspath{{../images/}} % Esto le dice a LaTeX que busque las figuras una carpeta atrás
Usa el código con precaución.Cuando el agente termine de redactar las secciones y generar los gráficos mediante R, simplemente comprimís la carpeta src_latex e images en un archivo .zip desde tu gestor de archivos de Kubuntu y lo subís directo a Overleaf.Para dejar el entorno de OpenCode completamente operativo, confirmame:¿Qué plantilla de LaTeX vas a utilizar para el paper? (¿Por ejemplo, la de Springer Lecture Notes in Computer Science o alguna revista de IEEE/Elsevier?)¿Qué paquete o librería de R tenés pensado usar para el diseño del experimento (por ejemplo, DoE.base, rsm, o solvers de optimización)?¿Tenés instalados los paquetes de R y las dependencias de Git en tu Kubuntu, o preferís que la IA verifique tu entorno primero?